25 лет прошло, с тех пор как Алек Мэйсон вел Марсианские Колонии к свободе. 12 лет прошло, с тех пор как враги убили жену Алека, похитили дочь Лиру и оставили его одного, без какого-либо смысла дальнейшего существования. Джейк Мэйсон — единственный сына Алека и офицер войск Red Faction. Его ждет большое потрясение, когда он узнаёт, что спустя 12 лет после похищения, его сестра до сих пор жива. Планета кишит злобными врагоми, Джейк выходит на тропу войны, чтобы узнать, что его некогда пропавшая сестра - одна из беспощадных солдат, которая пообещала любым путем уничтожить Red Faction.